​Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 31 Jakarta Timur terus berinovasi dalam meningkatkan kualitas pendidikan dan pengembangan karakter siswa melalui berbagai program terbaru. Berikut adalah beberapa program unggulan yang telah dilaksanakan :

1. Program Kulla Yaumin Alf (KUYA)

Program ini merupakan aksi kemanusiaan yang digagas oleh Kepala MTsN 31 Jakarta untuk membantu masyarakat Palestina. Seluruh civitas madrasah diajak untuk berpartisipasi dengan membuat celengan khusus sebagai bentuk donasi. Pada tahun 2021, program ini berhasil mengumpulkan dana sebesar Rp29.500.000, yang diserahkan kepada pengurus DPW PGMI Provinsi DKI Jakarta.

2. Peningkatan Prestasi Melalui Kompetisi

MTsN 31 Jakarta aktif berpartisipasi dalam berbagai kompetisi untuk meningkatkan prestasi siswa dan madrasah, antara lain:​

• Jakarta Madrasah Award (JMA) 2025: Pada 5 Februari 2025, MTsN 31 Jakarta Timur meraih penghargaan dalam ajang JMA 2025, yang diselenggarakan di Trans Studio Cibubur. ​

• Lomba Robotik: MTsN 31 Jakarta Timur berhasil meraih juara ketiga dalam lomba robotik kategori Sumo 1kg yang diadakan oleh Sekolah Taruna Bangsa di Sentul. ​

• Apresiasi Masyarakat Peduli Lingkungan 2024: Pada 17 Desember 2024, MTsN 31 Jakarta Timur menerima penghargaan atas kontribusinya dalam menjaga lingkungan di Kota Administrasi Jakarta Timur.

3. Pengembangan Kegiatan Ekstrakurikuler

Untuk mendukung minat dan bakat siswa, MTsN 31 Jakarta Timur menawarkan berbagai kegiatan ekstrakurikuler, seperti:​

• Pramuka​

• Paskibra​

• Palang Merah Remaja (PMR)

• Jurnalistik​

• Math Club​

• Sains Club​

• Silat​

• Taekwondo

• Futsal

• Basket​

Kegiatan ini bertujuan untuk meningkatkan kemampuan kognitif, afektif, dan psikomotorik siswa.

4. Program Islamic Boarding School (IBS)

Sejalan dengan visi “Terwujudnya Insan Qur’ani dan Berwawasan Global”, MTsN 31 Jakarta menyelenggarakan program IBS yang memadukan pendidikan formal dan pesantren. Program ini bertujuan membentuk pelajar muslim dengan keseimbangan antara kecerdasan intelektual, emosional, dan spiritual.

5. Kontrak Prestasi dan Moderasi Beragama

Dalam Musyawarah Kerja MTsN 31 Jakarta Timur, Kepala Madrasah menekankan pentingnya program dari Kantor Wilayah (Kanwil) terkait kontrak prestasi. Program ini menuntut madrasah mencapai target tertentu dalam berbagai aspek, baik akademik maupun non-akademik, sebagai komitmen untuk terus meningkatkan kualitas pendidikan.

Melalui berbagai program tersebut, MTsN 31 Jakarta Timur berkomitmen untuk terus meningkatkan kualitas pendidikan dan mencetak generasi yang berprestasi serta berakhlak mulia.